Begleitend zur Planung und zum Bau des neuen Münchner Flughafens im Erdinger Moos bestand ein Interesse der Betreiber nach der Einrichtung einer Kapelle an zentraler Stelle. In Gesprächen mit der Erzdiözese München und Freising und der Evangelischen Landeskirche in Bayern wurde das Projekt geplant, entwickelt und umgesetzt, sodaß mit der Inbetriebnahme des Flughafens im Jahr 1992 auch der Kirchliche Dienst sein Arbeit aufnehmen konnte.

Aus der anfängliche Suchen, was denn den Dienst der Kirchen am Flughafen ausmache, ist im Laufe der Jahre eine Einrichtung entstanden, die durch ihre vielfältigen Tätigkeiten und Kontakte selbst "ein Stück Flughafen" geworden ist.

Ein gottlob recht stabiler MitarbeiterInnenstamm von derzeit acht Personen (zwei Pfarrer, drei Sozialarbeiter und drei Sekretärinnen) kümmert sich um Passagiere, Flughafenmitarbeiter, Flüchtlinge, Notfallbetroffene, Besucher und Gottesdienstangebote praktisch "rund um die Uhr".

Die Christophorus-Kapelle, das Herzstück des Kirchlichen Dienstes (und des Flughafens – man beachte die zentrale Lage im Flughafengelände, was keinesfalls selbstverständlich ist), bietet neben den Gottesdiensten Rückzugsmöglichkeiten für Reisende und Beschäftigte. Seit 2005 steht im Terminal Personen im nichtöffentlichen Bereich ein "Raum für Gebet und Stille" zur Verfügung.
Durch die auch räumliche Zusammenlegung der Seelsorge und Sozialen Dienste zum Kirchlichen Dienst konnte die Effizienz der Einrichtung zusätzlich gefördert werden.

Angesichts eines ungebremsten Wachstums des Münchner Flughafens ist ein Augenmerk darauf zu legen wie den wachsenden Anforderungen von Seiten des Kirchlichen Dienstes inhaltlich, personell und finanziell begegnet werden kann.