Besonderes Augenmerk haben die Naturschutz-Experten der FMG auf gefährdete oder geschützte Lebensräume und Arten. In enger Abstimmung mit den zuständigen Naturschutzbehörden und unter Berücksichtigung der geltenden Auflagen sorgt die FMG dafür, dass mit den Ausgleichsmaßnahmen die Lebensräume von Flora und Fauna langfristig erhalten und gesichert werden. So sind die Ausgleichsflächen ideale Nischen für gefährdete Arten wie beispielsweise den Kiebitz, den Wiesenknopf-Ameisenbläuling und der Sumpfgladiole.
Schon bei der Planung von Bauprojekten werden in naturschutzfachlichen Gutachten und im "Landschaftspflegerischen Begleitplan" festgelegt, welche Fläche als Ausgleich wo und wie anzulegen und zu gestalten ist.
Hierbei werden die Belange des Europäischen Vogelschutzgebietes „Nördliches Erdinger Moos“ und anderer Schutzgebiete geprüft und hinsichtlich ihrer Artenausstattung bewertet und die bestehenden Flächen auf geschützte Arten untersucht. Die Ergebnisse fließen dann in die Maßnahmenplanung für die Ausgleichs- und Ersatzflächen ein. Dabei wird sichergestellt, dass der Zusammenhang der Schutzgebiete, das sogenannte kohärente Netz Natura 2000, gewährleistet und eine Beeinträchtigung geschützter Tier- und Pflanzenarten ausgeschlossen ist. Die Ausgleichsflächen fungieren dabei oftmals als eine Art Trittsteine.
Diese Kompensationsmaßnahmen werden in der Baugenehmigung verankert.
Nach der Gestaltung ist die kontinuierliche Pflege und Kontrolle der Bestandsflächen ebenfalls eine wichtige Aufgabe. In einem Pflege- und Entwicklungsplan ist genau festgelegt, wie und wann zum Beispiel Wiesen und Feuchtgebiete gemäht, oder in welchem Turnus Gehölz- und Gebüschränder ausgelichtet werden dürfen.
Darüber hinaus werden regelmäßig Erfolgskontrollen hinsichtlich geschützter anzusiedelnden Tier- und Pflanzenarten durchgeführt um den Maßnahmenerfolg zu dokumentieren und zu steuern.